I sin tiltredelsestale søndag sa Sisi at han vil fokusere på sikkerhet, mekling og kamp mot terrorisme på det afrikanske kontinentet.
Han gjorde det klart at kamp mot terrorisme krever at de som støtter og finansierer terrorismen, må identifiseres, og at de må bekjempes kollektivt.
Amnesty International frykter imidlertid at AUs menneskerettighetsmekanismer blir undergravet med Sisi som leder.
– I hans tid ved makten har Abdel Fattah al-Sisi vist en sjokkerende forakt for menneskerettighetene. Under hans ledelse har Egypt gjennomlevd en katastrofal tilbakegang når det gjelder menneskerettigheter og friheter, sier Najia Bounaim, Amnestys Nord-Afrika-direktør.
Hun sier det er reell frykt for at hans ledelse vil ha skadelig virkning på uavhengigheten til regionale menneskerettighetsgrupper.
Amnesty sier at Egypt siden 2015 har stått bak en vedvarende offensiv mot Den afrikanske kommisjonen for menneskerettigheter og borgerrettigheter (ACHRP), organet som overvåker menneskerettighetssituasjonen i afrikanske land.
– Flere titalls anklager om grove brudd på menneskerettighetene er kommet mot Egypt ved ACHRP, sier Amnesty.
Egypt har ikke deltatt i AU-møter siden 1995 da det var et drapsforsøk på daværende president Hosni Mubarak. Sisi overtar nå ledelsen av AU etter Rwandas president Paul Kagame.