Bashir (75) har vært statsleder i Sudan fra han tok makten i et kupp i 1989. Nå er han avsatt av sine egne, samtidig som militæret har innført unntakstilstand i tre år.
Fredag holdt juntaen en pressekonferanse der det ble opplyst at Bashir skal stilles for retten i hjemlandet, og at han ikke blir utlevert til Den internasjonale straffedomstolen (ICC).
I 2010 utstedte ICC en arrestordre mot Bashir i forbindelse med at han ble siktet for folkemord og krigsforbrytelser i Darfur.
Darfur ligger helt vest i Sudan og har siden 2003 vært herjet av konflikt mellom en regjeringsstøttet arabisk milits og lokale opprørsgrupper. Hundretusener har ifølge FN mistet livet, og millioner er drevet på flukt på grunn av krigen.
Militærets avsettelse av Bashir kom etter fire måneder med protester mot blant annet økte priser og stadig vanskeligere levekår. Totalt skal omkring 50 mennesker ha blitt drept i uroen, 15 av dem etter at tusenvis av demonstranter samlet seg foran militærets hovedkvarter i helgen.
Den sudanske generalobersten Omar Zein Abedeen hevdet fredag at maktovertakelsen «ikke var et kupp», men et svar på krav fra folket.
Men da forsvarsminister Awad Ibnouf kunngjorde at juntaen overtok makten torsdag, vakte det ingen glede, men raseri blant demonstrantene. De mener at juntaen ikke representerer noe nytt.
– Vi har ikke oppnådd noen ting, sier en av demonstrantene, som kun vil oppgi fornavnet Adel. – Vi vil ikke stanse vår revolusjon. Vi krever at regimet går av, ikke bare Bashir, sier han til nyhetsbyrået AFP.
Militærkuppet er blitt kritisert av Den afrikanske union, og både USA og flere EU-land har bedt om at saken blir behandlet i FNs sikkerhetsråd.
Sudan-eksperten Alex de Wall, som leder World Peace Foundation ved Tufts University i Massachusetts, mener at det har gått fra vondt til verre i Sudan.
– Det er ironisk at utsiktene til en demokratisk overgang kan være fjernere enn da Bashir hadde makten, og det finnes ikke noe maktsentrum som det kan forhandles med, sier han.
De Wall mener også at maktkampen innen sikkerhetsapparatet kun har begynt.
– Bashir holdt rivaliseringen og ambisjonene deres i sjakk. At han nå er fjernet, skaper en uregulert usikkerhet, sier han.
Fredag lovet generalene at de vil innlede en dialog med alle politiske grupper med sikte på å danne en sivil regjering, men de har samtidig sagt at de ikke vil tolerere brudd på portforbudet og andre sikkerhetstiltak.