Utspillet kommer mens spenningsnivået mellom Iran og USA er høyt. USA har nylig sendt bombefly og en hangarskipsgruppe til regionen og vil også øke antallet soldater i området.
Iran avviser bestemt påstanden og kaller den absurd og meningsløs. En talsmann for iransk UD sier at USAs «onde hensikter» i regionen er viden kjent.
Tidligere i mai ble fire tankskip utsatt for sabotasje i Persiabukta. Ett av skipene var norske Andrea Victory, og Norge deltar i granskningen av hendelsen, sammen med USA og andre land. To av skipene var saudiarabiske.
Skipene ble angrepet med miner som høyst sannsynligvis var iranske, ifølge Bolton.
Han er onsdag på besøk i De forente arabiske emirater, og uttalelsen falt på en pressekonferanse i Abu Dhabi.
– Det er ingen i Washington som er i tvil om hvem som er ansvarlige for dette, sa han, og føyde til:
– Hvem andre tror du gjør dette? Noen fra Nepal?
Bolton sier han skal møte Emiratenes kronprins, sjeik Mohammed bin Zayed Al-Nahyan, i tillegg til sikkerhetsrådgiver sjeik Tahnoun bin Zayed Al-Nahyan for å diskutere situasjonen i området.
– Vi er fortsatt bekymret og så årvåkne som vi kan, sier Bolton.
Den iranske regjeringen har omtalt skipsangrepene som «alarmerende og beklagelige» og har samtidig advart fremmede makter mot «eventyr» som kan true sikkerheten til sjøs.
USA har trukket seg fra atomavtalen stormaktene inngikk med Iran i 2015. Iran har sagt at landet nå vil begynne å gå tilbake på deler av avtalen.
USAs president Donald Trump kunngjorde fredag at han vil sende ytterligere 1.500 soldater til Midtøsten.
– Økt amerikansk nærvær i regionen vår er svært farlig og en trussel mot internasjonal fred og sikkerhet og må konfronteres, sa Irans utenriksminister Mohammad Javad Zarif til nyhetsbyrået IRNA dagen etter.