Påtalemyndigheten i München opplyste onsdag at Stadler og tre andre er tiltalt for bedrageri, dokumentfalsk og ulovlig reklame.
Tiltalene er tatt ut i forbindelse med at over 430.000 biler av merkene Volkswagen, Audi og Porsche ble bygd med utstyr som skulle lure myndighetenes utslippstester.
Påtalemyndigheten anklager den tidligere Audi-sjefen for å ha visst om manipuleringen senest i september 2015, og at han likevel lot salget av de berørte VW- og Audi-bilene gå sin gang, eller ikke hindret det.
Stadler ble pågrepet i juni i fjor, mistenkt for bedrageri og sammensvergelse, og han ble da straks suspendert fra stillingen som sjef for Audi og medlem av Volkswagens styre.
Stadler kommer da i samme situasjon som VW-sjefen Martin Winterkorn, som måtte slutte som følge av den første enorme dieselskandalen som omfattet 11 millioner biler verden rundt, og som ble avdekket i september 2015. Winterkorn ble tiltalt i april i år.
Det er uklart om tiltalene mot Winterkorn og Stadler vil resultere i en rettssak; det blir det opp til retten i München og i Braunschweig å avgjøre.
Tiltalen mot Stadler gjelder over 250.000 audier, 71.000 volkswagener og 112.000 porscher som stort sett ble solgt i USA og Europa.