I gruppen på over 110 statsborgere som ankom Pristina påskeaften, var også fire menn, som alle ble pågrepet og siktet for deltakelse i en utenlandsk konflikt.
Mange av de rundt 30 kvinnene var gift med IS-krigere. Ti av dem er nå plassert i husarrest, siktet for å ha sluttet seg til terrorgrupper, ifølge nyhetsbyrået Reuters.
– Vi var allerede i gang med å etterforske kvinnene, men granskingen ble satt på vent fordi vi ikke hadde tilgang til dem, sier spesialaktor Syle Hoxha til nyhetsbyrået AFP tirsdag.
– Nå har vi nye vitnemål om aktivitetene deres i Syria som politiet hentet inn etter at de kom tilbake lørdag. Etterforskningene er nå formelt gjenopptatt, tilføyer Hoxha.
Etter ankomsten i Kosovo ble mødrene og barna deres sendt direkte til et interneringssenter som vanligvis huser migranter, men familiene ble sendt hjem etter 72 timer.
Myndighetene har tidligere sagt at mødrene og barna skal tas hånd om gjennom ordninger som skal reintegrere dem i samfunnet. Sivile «fortjener rehabilitering og håp om et fredelig liv langt unna konflikter», sa justisminister Abelard Tahiri.
Kosovo skal ha fått hjelp fra USA til å hente hjem sine borgere fra områder i Syria som nå kontrolleres av USA-støttet kurdisk milits.
Kosovo vedtok en lov for fire år siden som gjør at statsborgere risikerer opptil 15 års fengsel dersom de forlater hjemlandet for å krige for væpnede grupper i utlandet.