USA har ikke hatt en permanent forsvarsminister siden Jim Mattis gikk av i desember i fjor. I denne perioden har Trump-administrasjonen trappet opp konflikten med Iran og økt sitt militære nærvær ved Persiabukta.
Det har også vært oppmerksomhet om USAs nye fredsplan for Midtøsten, som Trumps svigersønn Jared Kushner står bak, men som er blitt møtt med dyp skepsis både blant eksperter og hos palestinerne.
Tirsdag ble det klart at mannen som har fungert som forsvarsminister siden 1. januar, går av. Shanahan begrunner avgangen med hensynet til familien.
– Det er uheldig at en vond og dypt personlig familiesituasjon fra langt tilbake blir virvlet opp og fremstilt på en ufullstendig og derfor villedende måte i forbindelse med denne prosessen, skriver Shanahan i en uttalelse tirsdag.
Han skriver videre at han frykter at en nominasjonsprosess i Kongressen vil tvinge hans tre barn til å gjenopplive et traumatisk kapittel i familiens historie og åpne gamle sår som familien har brukt flere år på å lege.
– I siste instans er det viktigste for meg at de er trygge og har det bra, skriver Shanahan uten å utbrodere hva saken handler om.
Ifølge Washington Post ble Shanahans sønn pågrepet som 17-åring etter å ha slått sin mor i ansiktet med en baseballkølle i 2011. Avisen har også vist til en voldelig episode mellom Shanahan og ekskona i 2010.
Shanahan blir nå erstattet av Mark Esper, som blir ny fungerende forsvarsminister. Esper kommer fra stillingen som øverste sivile sjef for hæren i forsvarsdepartementet og vil ifølge Trump gjøre en «fantastisk jobb».
Trump kom med nyheten om Shanahans avgang på Twitter, få timer før han offisielt skulle kunngjøre at han stiller til gjenvalg som president.
Da Mattis trakk seg i desember, hadde Trump nettopp besluttet å trekke amerikanske soldater ut av Syria, noe som førte til konflikter innad i administrasjonen.
I sitt avskjedsbrev viste Mattis til at han og Trump er politisk uenige. Han understreket også at USA må ha et godt forhold til sine allierte for å demme opp for russisk og kinesisk innflytelse.
De siste dagene har Pentagon varslet at det skal sendes ytterligere 1.000 amerikanske soldater til Midtøsten, samtidig som tjenestemenn har sagt at USA er villig til å gå til krig for å hindre Iran i å skaffe seg atomvåpen – et mål som Iran hele tiden har insistert på at det ikke har, og som atomavtalen, som USA har trukket seg fra, skulle gjøre til en umulighet.
Esper, som overtar etter Shanahan, er tidligere offiser og deltok i krigen mot Irak i 1990–1991 etter Iraks invasjon i Kuwait. Før han ble ansatt i Pentagon, arbeidet han for våpenprodusenten Raytheon og flyprodusenten Boeing.