Torsdagens beskjed kom bare timer etter at regjeringen besluttet å forlenge fristen til slutten av juni. Men etter å ha rådført seg med landets sikkerhetstopper ga statsminister Shahid Khaqan Abbasi grønt lys for å korte ned fristen til 60 dager.
Han begrunner vedtaket med at medlemmer av militante afghanske grupper blander seg med flyktningene.
– Denne frykten har ført til at vi i løpet av få timer endret avgjørelsen, sier han.
De fleste afghanerne i Pakistan flyktet da Sovjetunionen invaderte Afghanistan i 1979, eller de er etterkommere av disse.
FNs høykommissær for flyktninger (UNHCR) har startet et repatrieringsprogram for å bringe 1,4 millioner afghanere tilbake til hjemlandet.
En ansatt i UNHCR omtaler den nye fristen for «upraktisk» og sier det vil undergrave arbeidet med å sikre flyktningene en trygg retur til hjemlandet.
Det var Pakistans departement for grenseområdene som onsdag kunngjorde at flyktningene kunne bli værende til slutten av juni.
Pakistan har den siste tiden vært under hardt amerikansk press for å hindre at militante afghanere bruker pakistansk territorium til å planlegge angrep mot amerikanske soldater i Afghanistan. Amerikanerne har blant annet kuttet militær bistand til landet.
Et nettverk med bånd til pakistansk sikkerhetstjeneste er dessuten blitt anklaget for flere av terrorangrepene som har rammet Afghanistan, og tidligere i uken besøkte to afghanske sikkerhetstopper Islamabad.
(©NTB)